Theo quy luật tăng trưởng và suy giảm bọt trong quá trình lên men, có hai cách để kiểm soát bọt PMI: một là giảm khả năng hình thành bọt, bằng cách điều chỉnh thành phần của môi trường, chẳng hạn như thêm ít hơn hoặc tăng từ từ thành phần của môi trường dễ tạo bọt, và thay đổi một số điều kiện nuôi cấy, chẳng hạn như pH, nhiệt độ, tốc độ sục khí , tốc độ khuấy, hoặc thay đổi quá trình lên men để kiểm soát.

Ưu điểm của phương pháp khử bọt cơ học là không cần đưa các chất lạ vào nước dùng lên men, tiết kiệm nguyên liệu thô, giảm nguy cơ nhiễm bẩn và không làm tăng gánh nặng cho quá trình chiết xuất xuôi dòng. Tuy nhiên, tác dụng của bọt PMI thường không nhanh và đáng tin cậy như chất khử bọt. Nó yêu cầu một số thiết bị nhất định và tiêu thụ một lượng điện năng nhất định. Nhược điểm lớn nhất của nó là không thể loại bỏ cơ bản sự hình thành bọt, vì vậy nó thường được sử dụng như một phương pháp khử bọt phụ trợ.

Khử bọt cơ học là một phương pháp khử bọt vật lý phá vỡ và loại bỏ bong bóng với sự trợ giúp của rung động cơ học mạnh hoặc thay đổi áp suất. Thiết bị khử bọt có thể được lắp đặt bên trong hoặc bên ngoài bể. Một cánh khuấy khử bọt có thể được lắp đặt phía trên trục khuấy trong bể và bọt có thể bị nghiền nát do tác dụng của trường ly tâm lốc xoáy. Một lượng nhỏ chất khử bọt cũng có thể được thêm vào rôto khử bọt để tăng hiệu quả khử bọt. Phương pháp bên ngoài bể là hút bọt ra khỏi bể, và sau khi bọt bị phá vỡ do gia tốc của vòi phun hoặc lực ly tâm, chất lỏng quay trở lại bể lên men.